Flyndersø Mølle er en gammel vandmølle som ligger hvor Flyndersø i sin tid afvandede til Koholm Å.
Møllen har eksisteret fra i hvert fald 1463, indtil 1871 hvor den ophørte med at fungerer som mølle.
Årsagens til møllens ophør var det samtidige forsøg på at dræne Flyndersø, for at opnå landvinding. I samme omgang blev Koholm å omlagt så den løb længere mod nord, og mølleåen forsvandt.
Gården blev drevet som landbrug mange år endnu og, holdt de gamle privilegier i hævd fra møllegården sidenhen f.eks. mulighed for ålekisten til indfangning af ål når de gik ud i Koholm Å .
Bygningen er siden 1999 blevet benyttet som museum over Flyndersø-egnen og de rakkere som drev omkring der. I 2019 valgt museum at de ikke ville fortsætte den daværende udstilling, og der var uklarhed om hvad der skulle ske med bygningen. I 2023 blev den planlagt som hovedindgang for “Flyndersø Mølle Naturparkcenter” et naturprojekt omkring søen.